Xavier Bourdenet a consacré sa thèse à l'oeuvre de Stendhal : Historicité du roman stendhalien : Armance, Le Rouge et le Noir, Lucien Leuwen. Thèse soutenue le 24 juin 2004 à l’université de Franche-Comté. Il a soutenu son Habilitation à diriger des recherches à Sorbonne Université le 8 décembre 2018, présentant un dossier intitulé Fictions d'histoire à l'époque romantique.
Ses recherches portent actuellement sur :
1. Littérature et histoire : approche socio-critique des œuvres. Inscription de l’histoire dans le texte littéraire, relations texte-contexte, fiction et histoire au XIXe siècle. A partir d’un corpus composé de quelques auteurs phares : Balzac, Stendhal, Mérimée, Barbey d’Aurevilly, Sand.
2. Etude de l’œuvre de Stendhal. Outre plusieurs articles déjà publiés, une monographie, issue de ma thèse de doctorat, est à paraître sous le titre : Stendhal : écrire l’actuel. Essai de lecture socio-critique du roman. Cette recherche s’appuie également sur une activité d’édition des manuscrits stendhaliens.
Il a édité des textes de Stendhal à partir des manuscrits de la Bibliothèque Municipale de Grenoble, en particulier les quatre œuvres suivantes : Lucien Leuwen (édition, en collaboration avec Yves Ansel, dans le cadre des Œuvres romanesques complètes de Stendhal dans la Bibliothèque de la Pléiade), Féder (pour les Œuvres romanesques complètes), De l’Amour (édition GF), Journal (révision de l’édition Martineau).
Il prépare un ouvrage consacré à Mérimée historien : il s’agit d’une étude de l’œuvre proprement historique de Mérimée, encore mal connue. Le projet est d’en retracer le cadre épistémologique, d’en dessiner les principes historiographiques et d’étudier la vision de l’Histoire qui s’en dégage, pour ensuite la mettre en relation avec l’œuvre fictionnelle de Mérimée, avec laquelle elle est en parfaite continuité.